科莫多巨蜥现在被国际自然保护联盟(IUCN)列为“濒危物种”，因为该物种面临着越来越多的气候变化影响的威胁。
在他们最新更新的红色名单中周末出版世界自然保护联盟(IUCN)表示，这种世界上最大的现存蜥蜴已从“易危”类别移至“濒危”类别。这种印尼特有的物种的生存受到全球气温上升和随后的海平面上升的威胁。这些因素预计“将使科莫多巨蜥的适宜栖息地在未来45年内减少至少30%。”
科莫多巨蜥目前居住在科莫多国家公园和邻近的弗洛雷斯岛，都位于东努沙登加拉(NTT)。虽然公园里的亚种群目前很稳定，受到很好的保护，但世界自然保护联盟说由于持续的人类活动，包括农业扩张，保护区外的科莫多巨蜥正受到严重栖息地丧失的威胁。
此外，世界自然保护联盟表示，最近有记录显示，有人试图将这些活的动物走私出印度尼西亚，似乎是为了进行宠物交易。
2018年的官方数据显示，科莫多国家公园约有2800只科莫多巨蜥。公园正在进行的开发和未来的计划已经成为头条新闻，最新的一则是来自联合国教科文组织世界遗产委员会的请求停止基础设施建设考虑环境影响的项目。
读者互动